1、常規(guī)PCR：

直接PCR是指直接從樣品擴(kuò)增目標(biāo)DNA，無(wú)需進(jìn)行核酸分離純化。

2、熱啟動(dòng)PCR：

熱啟動(dòng)PCR常用于增強(qiáng)PCR擴(kuò)增的特異性。該方法主要利用抗體、親合配體、適體或化學(xué)修飾物等酶修飾酶，來(lái)抑制室溫下的DNA聚合酶的活性。這種修飾使得在PCR體系配制階段引物與模板、引物與引物之前的結(jié)合能力降低，從而避免了非特異性擴(kuò)增。

3、巢式PCR：

巢式PCR是標(biāo)準(zhǔn)PCR的一種演變，其增強(qiáng)了反應(yīng)特異性和目標(biāo)擴(kuò)增子的產(chǎn)量。

4、快速PCR：

在快速PCR中，通過(guò)縮減PCR步驟所需時(shí)間來(lái)完成更快的擴(kuò)增，且不會(huì)影響擴(kuò)增產(chǎn)量和效率?？焖傺h(huán)條件尤其適用于具有高擴(kuò)增能力的DNA聚合酶，這類(lèi)聚合酶在每個(gè)結(jié)合中可引入更多的核苷酸。

5、高GC含量PCR：

具有高GC含量（>65%）的DNA模板由于G和C堿基間的強(qiáng)氫鍵影響，比較難以擴(kuò)增。富含GC的序列同時(shí)也涉及二級(jí)結(jié)構(gòu)。因此，富含GC的序列可導(dǎo)致DNA聚合酶沿模板擴(kuò)增時(shí)“卡頓”并干擾DNA合成。

6、多重 PCR:

多重PCR可在同一PCR反應(yīng)管中同時(shí)擴(kuò)增多個(gè)不同的片段。多種PCR不僅意味著節(jié)省時(shí)間、試劑和樣品，還能夠同時(shí)對(duì)比多個(gè)擴(kuò)增子

7、長(zhǎng)片段 PCR:

長(zhǎng)片段PCR通常是指擴(kuò)增大于5kb的DNA片段。長(zhǎng)片段PCR傳統(tǒng)上使用 Taq DNA 聚合酶（用于快速延伸）和高保真酶（用于提高準(zhǔn)確性）的混合物。

8、定量PCR:

序列的擴(kuò)增程度（得率）取決于模板起始量，PCR常用于對(duì)樣品中的DNA進(jìn)行定量，其中，常見(jiàn)的應(yīng)用是 基因表達(dá)定量。